الميكانيكا الجزيئية أمثلة على

• النماذج الرياضية لمحاكاة عمليات حركية لتطوي البروتين وترابطه يُعنى بها علم الميكانيكا الجزيئية وبشكل خاص الديناميكا الجزيئية.
• ميكانيكا جزيئية الميكانيكا الجزيئية هي أحد جوانب النمذجة الجزيئية ، لأنها تنطوي على استخدام الميكانيكا الكلاسيكية (الميكانيكا النيوتنية) لوصف الأساس المادي وراء النماذج.